舞台は、幕末の時代に作られた絡繰館。そこには幻の宝石が隠されているという噂があり、館の暗号を解くことでそのありかが示されるという。その絡繰館に、怪盗キッドから予告状が届く。「満月の夜、『闇夜の輝き』にお目にかかるべく参上いたします」コナンと平次、そして館の警備にあたっていたあなたは、協力して光と影で作られる複雑怪奇な暗号解読に挑む。一緒に情報を集め、推理して事件の真相を解き明かそう！