半期末である６月30日の午後４時から、本牧神社で「夏越大祓（なごしのおおはらえ）」が行われる。茅で作られた「茅の輪」をくぐり、邪気を払って清らかで健やかな状態に立ち返るという日本の伝統的な行事。

本牧神社では、コロナ禍で密回避にもつながるよう、６月25日から７月３日までの間、境内に「自祓所」も設置する。午前９時〜午後４時30分。社務所で「切麻・人形」を受け取り、それを用いて各自でおはらいを行う。その後に茅の輪をくぐり、傍らに設置された「納め箱」に人形を入れるというもの。同神社では「大祓当日に参列できない方は、ご都合のよい日時に自祓を」と呼び掛けている。

本牧では夏越大祓が終わると、伝統神事「お馬流し」の季節を迎える。